Экипаж корабля «Навуходоносор» в составе Морфеуса, Нео, Тринити и новоприбывшего оператора Линка отчаливает в последний и единственный цитадель населения земли — город Зион. По прибытии герои выяснят о том, что Армия Машин прокладывает путь к городку с целью убить его жителей.